In mei 1361 verwoestte een grote brand een groot deel van Gouda. Daarbij ging ook het stadhuis verloren. In 1395 kocht de stad van Guy van Chastillon het marktveld om daar een nieuw stadhuis te kunnen bouwen. Bij de overdracht van de grond werd bepaald dat het stadhuis helemaal vrij moest staan, zonder belendende percelen, om te voorkomen dat opnieuw een brand zou overslaan op het stadhuis. Het was een drassig stuk grond, dat pas na het storten van grote hoeveelheden puin en na grondige drainage bouwrijp was. In 1448 begon de bouw, die in 1459 met de oplevering van de geveltoren gereed was. Er was behalve het raadhuis ook een vleeshal in de kelder onder het bordes gehuisvest. Het bordes in renaissancestijl dateert uit 1603 en is gemaakt door de stadsbeeldhouwer Gregorius Cool. Rond 1692 en 1880 zijn wijzigingen aangebracht. Het interieur stamt deels nog uit de zeventiende en achttiende eeuw. Trots is Gouda op de wandbekleding in de Trouwzaal.
De Historische Vereniging Die Goude heeft een speciale band met het stadhuis. Iedere zaterdag wordt vanaf 11.00 uur het stadhuis tegen een geringe betaling opengesteld voor bezoekers: onder deskundige leiding en begeleiding van leden van Die Goude. Een groep van ongeveer 30 vrijwilligers is bij toerbeurt aanwezig om de bezoekers wegwijs te maken, desgewenst inlichtingen te verstrekken en om de boekentafel in de binnenhal van het stadhuis te bemensen.